- 1945. 8. 15 광복 이후 일제에 의해 해산된 성결교 재건과 무교동 교회, 아현교회 등이 주도한 100교회 세우기 운동의 열매로 본 교회가 세워졌다.
- 1947. 6.15 무교동 교회(현 중앙교회)김영구, 박흥국장로가 후암동 서편 감나무 동산 김봉자 집사의 2층 다다미 방에서 후암동에 거주하는 무교동교회, 아현교회, 청파교회에 다니던 몇 분 성도들을 모아 박현명 목사를 모시고 개척 예배를 드림
- 1947. 7 김영구 장로 서울신학교 전수과 입학 후 전담 교역자로 취임, 이후 목사 안수 후 본 교회 제1대 담임목사가 됨
- 1948. 2. 27 현 위치의 주택 2동을 구입함. 교회(대지 58평, 건물 24평)와 교역자 주택(대지 38평, 건물 13평)을 마련함
- 1949. 11 경기도 여주군 하자포 교회를 첫 지교회로 설립함
- 1951. 7 계전리 교회를 동란 중에서도 지교회로 설립함
- 1954. 4 조기함목사가 제2대 담임목사로 취임
- 1956. 10. 20 36평의 아담한 성전을 완공하여 봉헌함
- 1959. 4 오이홍목사, 제 3대 담임목사로 취임(조기함목사, 금옥교회 개척 및 사임)
- 1965. 7. 31 새성전 상하 각 60평의 교회당을 완공하여 입당함
- 1967. 1 김성호 담임목사, 제4대 담임목사로 취임
(오이홍목사, 모래내교회 개척 및 사임)
- 1970. 6 경기도 포천군에 임야 1,000평을 교회 묘지로 구임
- 1975. 12. 12 조인정장로께서 고향의 복음화를 위하여, 신안군 지도면 장고리에 단독으로 장고리교회를 건축하여 봉헌함
- 1987. 3. 1 평신도 선교교회 개척 (이동섭목사)
- 1991. 10. 유종길 목사, 제5대 담임목사로 취임
(김성호목사, 총회선교 교육위원장으로 취임 및 사임)
- 1992. 9. 1 산샘교회개척(김경수목사)
- 1997. 6. 29 옥합선교교회 개척(김재운목사)
- 1998. 3. 8 창립50주년 기념교회로 탄현백합교회 개척(김영교목사)
- 1998. 10. 18 시흥백합교회 개척(양명석목사)
- 1999. 8. 29 임직자 기념교회로 서울백합교회 개척(박현규목사)
- 1999. 10. 11 광주백합교회 개척(박영기목사)
- 2001. 1. 10 이갑렙 선교사를 태국 선교사로 파견
- 2001. 4. 1 김세진목사, 제6대 담임목사로 취임
(유종길목사, 김해제일교회 담임목사로청빙 및 본교 사임)
- 2001. 4. 29 후암동 105-89 구입하여 백합선교관 건축 및 봉헌
- 2002. 6. 2 후암동 105-48, 105-104(81평)를 교역자 사택으로 구입
- 2003. 9. 21 구 교육관 건물 철거 및 2층 120평의 소망관 건물로 신축 및 봉헌
- 2004. 6. 18 정순애B 권사 삼안리치 기증(한강대로 102다길 26 401호)
- 2005. 12. 11 후암동 105-100(26.75평) 구입(비전관)
- 2006. 6. 25 이갈렙 선교사를 L국 선교사로 파송
- 2007. 2. 4 창립 60주년 기념교회로 솟아나는 샘물교회 개척(박상철 전도사)
- 2007. 12. 27 창립 60주년 기념 백합어린이도서관 개관
- 2008. 4. 20 본관 및 교육관 리모델링
- 2008. 10. 19 전종철 선교사를 우루과이 선교사로 파송
- 2008. 12. 21 윤이삭 선교사를 V국 선교사로 파송 (교동협의회 연합)
- 2013.1. 본관 엘리베이터 설치 및 로뎀 쉼터 개장
- 2017. 6. 11 창립 70 주년 감사예배
- 2019. 2. 24 김대영 선교사를 필리핀 선교사로 파송
